دانشگاه امیرالمومنین علیه السلام در سال 1387در قالب موسسه آموزش عالی امیرالمومنین(ع) از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مجوز تاسیس گرفت و در سال 1389 اولین گروه دانشجویی وارد این مجموعه علمی شد.
در سال 1393 و با موافقت وزیر علوم، تحقیقات و فناوری موسسه آموزش عالي اميرالمومنين (ع) اهواز به دانشگاه ارتقا يافت.
و با دریافت مجوز تاسیس شعب از سوی شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال 1393 روند تکاملی خود را پیش گرفت و همان سال شعبه خواهران این دانشگاه در اهواز تاسیس گردید.
این دانشگاه که از سوی عالم مجاهد حضرت آیت الله موسوی جزایری بنیان نهاده شد اهدافی همچون ایجاد حرکتی معرفتی در ترویج و تعمیق و تحکیم مبانی ولایت در باورهای مذهبی مردم در سطح ملی و فراملی، تبیین ابعاد معرفتی معارف اهل بیت علیهم ، کمک به اتحاد دنیای اسلام و تربیت جوانان متدین، انقلابی و دغدغه مند برای مکتب تشیع را دنبال می کند.
دانشگاه امیرالمومنین (ع) متشکل از سه دانشکده مستقل فلسفه و کلام اسلامی، فقه و حقوق اسلامی، علوم قرآن و حدیث است که مجموع آن ها، دانشگاه را تشکیل می دهد و در هرکدام از این دانشکده ها رشته های مختلفی تدریس می شود؛
دانشکده فلسفه و کلام اسلامی دارای سه رشته فلسفه و کلام اسلامی، کلام شیعه، کلام شیعه با گرایش امامت در سه مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا است.
در دانشکده فقه و حقوق اسلامی نیز دو رشته فقه و مبانی حقوق، فقه و حقوق اسلامی در سه مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا ارائه می شود.
در دانشکده علوم قرآن و حدیث رشته های علوم قرآن و حدیث ، اقتصاد، تاریخ اسلام، علوم تربیتی، زبان و ادبیات عرب در مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد دانشجو می پذیرند.
دانشگاه امیرالمومنین (ع با دانشگاه امام صادق(ع)، مؤسسه امام خميني(ره) و دانشگاه علوم قرآن و حديث و دانشگاه شهید چمران اهواز تفاهم نامه همکاری منعقدکرده است.
دانشگاه امیرالمؤمنین علیه‌السلام اهواز، یکی از دستاوردهای ماندگار علمی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در عرصه آموزش عالی است که به ابتکار و همت فقیه عالی‌قدر، مرجع دینی، زعیم حوزه‌های علمیه خوزستان و مؤسس دانشگاه، حضرت آیت‌الله‌العظمی سید محمدعلی موسوی جزایری (دامت برکاته) در سال ۱۳۸۹تأسیس گردید.
اندیشه تأسیس این دانشگاه از دغدغه‌ای عمیق نسبت به خلأ موجود در نظام آموزش عالی کشور در حوزه تبیین و گسترش معارف اهل‌بیت علیهم‌السلام، تعمیق مبانی کلام شیعی و تربیت نسل جدیدی از دانش‌آموختگان مؤمن، متخصص و دارای هویت اسلامی شکل گرفت. از همین رو، آیت‌الله‌العظمی موسوی جزایری با نگاهی راهبردی و آینده‌نگر، فرآیند ایجاد دانشگاه را آغاز نمود و با پیگیری‌های مستمر علمی و اجرایی، زمینه شکل‌گیری نهادی دانشگاهی با هویتی متمایز را فراهم ساخت.
در جریان ارائه گزارش روند تأسیس دانشگاه، قائد شهید امت ضمن ابراز خرسندی از اقدامات انجام‌شده، این حرکت علمی و فرهنگی را اقدامی ارزشمند، مبارک و دارای آثار بلندمدت دانسته و بر اهمیت و ضرورت چنین مجموعه‌ای برای استان خوزستان و توسعه علمی ـ فرهنگی منطقه تأکید نمودند. این حمایت معنوی و راهبردی، پشتوانه‌ای مهم برای تثبیت و گسترش فعالیت‌های دانشگاه در سال‌های بعد به شمار می‌آید.
دانشگاه امیرالمؤمنین علیه‌السلام امروز بر پایه سند چشم‌انداز مصوب خود، نهادی علمی ـ فرهنگی با هویت اسلامی و رویکرد مسئله‌محور است که رسالت آن صیانت، تبیین و ترویج معارف اهل‌بیت علیهم‌السلام، توسعه دانش تخصصی در حوزه کلام شیعی، تربیت سرمایه انسانی متعهد و ایفای نقش مؤثر در ارتقای معرفت دینی و سرمایه فرهنگی جامعه است.
این دانشگاه طی سال‌های اخیر با رشدی مستمر و شتابان، جایگاه خود را در میان مراکز آموزش عالی منطقه تثبیت نموده است. بهره‌مندی از بیش از یک هزار دانشجو در مقاطع مختلف تحصیلی، ارائه ۹ رشته در مقطع کارشناسی، ۹ رشته در مقطع کارشناسی ارشد و ۲ رشته در مقطع دکتری، بیانگر ظرفیت رو به توسعه این مجموعه علمی است.
رشته‌های تحصیلی دانشگاه طیف متنوعی از علوم انسانی و اسلامی از جمله حقوق، فقه و حقوق اسلامی، علوم قرآن و حدیث، فلسفه و کلام اسلامی، روان‌شناسی، مشاوره، علوم تربیتی، اقتصاد و تاریخ اسلام را دربر می‌گیرد. در این میان، رشته «کلام شیعه» به عنوان یکی از مهم‌ترین مزیت‌های علمی دانشگاه، جایگاهی ممتاز در میان دانشگاه‌های کشور داشته و از نخستین رشته‌هایی است که با هدف تعمیق مبانی اعتقادی و پاسخگویی علمی به شبهات و چالش‌های فکری معاصر طراحی و توسعه یافته است.
دانشگاه امیرالمؤمنین علیه‌السلام با اتکاء به سرمایه انسانی ارزشمند خود، از ظرفیت ۳۷ عضو هیئت علمی و بیش از ۱۲۰ استاد و مدرس مدعو بهره می‌برد و از این رهگذر توانسته است شبکه‌ای علمی متشکل از استادان برجسته دانشگاهی و حوزوی را در خدمت آموزش، پژوهش و تربیت دانشجویان قرار دهد.
قرار گرفتن دانشگاه در موقعیتی مناسب در شهر اهواز، برخورداری از فضاهای آموزشی استاندارد، کتابخانه تخصصی، مراکز آموزش‌های کوتاه‌مدت، امکانات فرهنگی و پژوهشی، سامانه‌های آموزشی و زیرساخت‌های در حال توسعه، محیطی پویا و مطلوب برای تحصیل، پژوهش و فعالیت‌های علمی فراهم آورده است.
مطابق سند چشم‌انداز دانشگاه، این مجموعه در افق پیش رو به دنبال دستیابی به مرجعیت علمی در حوزه کلام شیعی و مطالعات معارف اهل‌بیت علیهم‌السلام، ایفای نقش مؤثر در تعاملات علمی با دانشگاه‌ها و حوزه‌های علمیه جهان اسلام، پاسخگویی علمی به مسائل نوپدید فکری و فرهنگی و ارائه الگویی موفق از «دانشگاه اسلامی هویت‌محور» است؛ دانشگاهی که در آن علم، اخلاق، معنویت، کارآمدی و مسئولیت اجتماعی در منظومه‌ای واحد و منسجم معنا می‌یابند.
امروز دانشگاه امیرالمؤمنین علیه‌السلام اهواز صرفاً یک مرکز آموزش عالی نیست؛ بلکه نهادی علمی، فرهنگی و تمدن‌ساز است که با الهام از مکتب نورانی امیرالمؤمنین علی علیه‌السلام و با تکیه بر میراث علمی مؤسس فرهیخته خود، آیت‌الله‌العظمی سید محمدعلی موسوی جزایری، مسیر تبدیل شدن به یکی از قطب‌های علمی و معرفتی جهان اسلام را با عزمی راسخ دنبال می‌کند.
