دانشگاه امیرالمومنین علیه السلام در سال 1387در قالب موسسه آموزش عالی امیرالمومنین(ع) از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مجوز تاسیس گرفت و در سال 1389 اولین گروه دانشجویی وارد این مجموعه علمی شد.
در سال 1393 و با موافقت وزیر علوم، تحقیقات و فناوری موسسه آموزش عالي اميرالمومنين (ع) اهواز به دانشگاه ارتقا يافت.
و با دریافت مجوز تاسیس شعب از سوی شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال 1393 روند تکاملی خود را پیش گرفت و همان سال شعبه خواهران این دانشگاه در اهواز تاسیس گردید.
این دانشگاه که از سوی عالم مجاهد حضرت آیت الله موسوی جزایری بنیان نهاده شد اهدافی همچون ایجاد حرکتی معرفتی در ترویج و تعمیق و تحکیم مبانی ولایت در باورهای مذهبی مردم در سطح ملی و فراملی، تبیین ابعاد معرفتی معارف اهل بیت علیهم ، کمک به اتحاد دنیای اسلام و تربیت جوانان متدین، انقلابی و دغدغه مند برای مکتب تشیع را دنبال می کند.
دانشگاه امیرالمومنین (ع) متشکل از سه دانشکده مستقل فلسفه و کلام اسلامی، فقه و حقوق اسلامی، علوم قرآن و حدیث است که مجموع آن ها، دانشگاه را تشکیل می دهد و در هرکدام از این دانشکده ها رشته های مختلفی تدریس می شود؛
دانشکده فلسفه و کلام اسلامی دارای سه رشته فلسفه و کلام اسلامی، کلام شیعه، کلام شیعه با گرایش امامت در سه مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا است.
در دانشکده فقه و حقوق اسلامی نیز دو رشته فقه و مبانی حقوق، فقه و حقوق اسلامی در سه مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا ارائه می شود.
در دانشکده علوم قرآن و حدیث رشته های علوم قرآن و حدیث ، اقتصاد، تاریخ اسلام، علوم تربیتی، زبان و ادبیات عرب در مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد دانشجو می پذیرند. دانشگاه امیرالمومنین (ع با دانشگاه امام صادق(ع)، مؤسسه امام خميني(ره) و دانشگاه علوم قرآن و حديث و دانشگاه شهید چمران اهواز تفاهم نامه همکاری منعقدکرده است.